摘要：

目的:肝细胞癌(HCC)的发病率逐年上升.本研究的目的是利用生物信息学方法研究HCC上调基因的分子机制,从而发现新的潜在生物标志物.方法:从HCC数据集挖掘基因表达综合数据库(GEO database),筛选中枢基因并进行(基因本体论)GO和(京都基因和基因组百科全书)KEGG富集分析.根据受试者操作特征(ROC)和甲基化水平分析中枢基因.中枢基因的验证通过基于中枢基因的蛋白质和基因表达水平的基本病理学改变来完成.基于数据库Timer 2.0分析基因与HCC免疫浸润的相关性,并使用R studio软件分析HCC hub基因的预后和存活率.最后,我们对HCC的潜在治疗靶点进行了基因组合药物分析.结果:通过差异分析筛选出表达上调的基因,这些基因主要富集于细胞周期和DNA复制途径.使用蛋白质相互作用网络(PPI)鉴定了5个枢纽基因,BRCA1相关环域1 (BARD1),错配修复蛋白(MSH2),重组H2A组蛋白家族,成员X (H2AFX),重组H2A组蛋白家族,成员z (H2AFZ)和18号染色体开放阅读框54 (C18orf54).在综合分析ROC曲线和甲基化基因突变位点后,通过基础实验对C18orf54进行定位,从而验证C18orf54在HCC上调.基于在线数据库Timer 2.0,分析了C18orf54基因在HCC的免疫浸润,发现其与HCC的CD4+T细胞和巨噬细胞呈负相关,同时进一步细化的免疫检查点相关性分析显示,C18orf54主要与甲型肝炎病毒细胞受体2 (HAVCR2),具有Ig和ITIM结构域的T细胞免疫受体(TIGIT)和细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白-4 (CTLA4)相关.还分析了表达C18orf54的HCC患者的预后和存活率,发现此类患者具有更高的邻近肝组织炎症发生率,更高的child-Pugh分级评分和更高的残余肿瘤复发率.类似地,C18orf54亚型患者的预后更差.最后,我们进行了联合遗传分析,表明环孢霉素,槲皮素,睾酮和骨化三醇可能有效降低C18orf54 mRNA表达.结论:C18orf54参与免疫浸润并促进HCC不良预后,可作为HCC的候选生物标志物.

展开